Par arrêté de la ministre de la santé, de la jeunesse, des sports et de la vie associative et du ministre du budget, des comptes publics et de la fonction publique en date du 23 décembre 2008, le budget primitif de l'année 2009 de l'agence régionale de l'hospitalisation de Franche-Comté est approuvé conformément au compte de résultat prévisionnel et au tableau de financement abrégé prévisionnel, et le montant limitatif des enveloppes est respectivement fixé pour le personnel à 937 350,00 €, pour le fonctionnement à 341 000,00 € (montant auquel s'ajoutent 68 900,00 € au titre des dotations aux amortissements et provisions) et pour l'investissement à 66 000,00 €.